גישת הלימודים והמחקר בתואר השני במחשבת ישראל היא גישה היסטורית ביקורתית הרואה את המחשבה היהודית לאורך השנים כחלק מתנועות מקומיות וגלובליות, בלתי מנותקות מתרבויות העולם ומהלכי הזמן. הסטודנטים נחשפים לתיאוריות שונות ומפתחים כלי הערכה וביקורת שבאמצעותם יוכלו לבחון טקסטים ומסורות שונות דרך ניתוח פילולוגי, ראייה היסטורית ועיון פילוסופי.

לימודי התואר השני מאפשרים התמחות בתחום מסוים ולמידתו לעומק. בלימודי מחשבת ישראל מקובל לסווג את תחומי ההתמחות על פי תקופות זמן, זרמים ותנועות ביהדות וטקסטים קנוניים בתולדות המחשבה היהודית. מגמת לימודים המתמקדת בזרמים ובתנועות יכולה להציע לימודי קבלה וחסידות (תורת הסוד, ספר הזוהר והאר"י, ספר יצירה, מיסטיקה) או אגדה והלכה (זרמים בימי בית שני, הלכה ואגדה בתלמוד ובמדרש, הלכה לאורך הדורות). מגמה המתמקדת בכתבים קאנוניים תעסוק בלימודי מקרא או בתלמוד.

תנאי הקבלה ללימודי תואר שני במחשבת ישראל משתנים ממוסד למוסד, בדרך כלל נדרש תואר ראשון במחשבת ישראל/מדעי היהודת או תואר ראשון במקצוע משיק אחר, בממוצע ציונים של 80 לכל הפחות. ישנם מוסדות לימוד שאף מציבים תנאי קבלה נוקשים יותר ודורשים ציון ממוצע גבוה יותר של התואר הראשון. חשוב לציין שבוגרי תארים ראשונים שאינם מחשבת ישראל ייתכן וידרשו בהשלמות של קורסים מסוימים בהתאם לדרישות החוג.

כמו כן, מוסדות הלימודים השונים לעיתים מציבים דרישות קבלה נוספות כגון: מכתבי המלצה, ראיונות בפני ועדת קבלה ועוד. חשוב לציין כי במסלולים מסוימים הדרישות עשויות להיות שונות, ולכן מומלץ לבדוק את דרישות הקבלה מול מזכירות החוג במוסד הלימודים שאליו אתם מעוניינים להתקבל.

משך זמן לימודי תואר מוסמך אוניברסיטה במדעי היהדות משתנה ממוסד לימודים אחד למשנהו, לרוב המסלול אורך כשנתיים אקדמיות. כמו כן, משך הלימודים משתנה בהתאם למסלול ההתמחות שנבחר ע"י הסטודנט. 

חשוב לציין כי חלק ניכר ממוסדות הלימוד מציעים השתלבות במסלול הלימודים במתכונת של לימודי ערב ולימודים בימי שישי בוקר. אפשרות זו מהווה אופציה נוחה להשתלב בלימודים ועבור המעוניינים בכך אשר אינם יכולים לפנות את יומם לטובת לימודי יום עקב התחייבויות קודמות כמו עבודה, לימודים או כל התחייבות אחרת. כך יוכלו ללמוד בשעות ובזמנים המתאימים להם ביותר.

לימודי תואר שני במדעי היהדות הינם לימודים מרתקים אשר כוללים מגוון רחב של קורסים ונושאי לימוד המעמיקים ברזי היהדות על מגוון תחומיה, בין נושאי הלימוד השונים ניתן למצוא את הקורסים הבאים: היסטוריה של עם ישראל, תורה שבעל פה, הגות ופילוסופיה יהודית, מקרא - פרשנותו והוראתו, חינוך יהודי, היסטוריה יהודית, פלגים ביהדות, הציונות הדתית, חקר התרבות היהודית בעת העתיקה ובימי הביניים, ספרות יהודית, פרקי אבות - טקסט פרשנות ופולמוס, יהדות ואסלאם, הלכה ומודרניזם, יהדות ונצרות, הגות חינוכית יהודית, קידוש ה' בהלכה בהגות ובמציאות, האישה ביהדות, שיטות מחקר ועוד.

חשוב לציין כי נושאי הלימוד משתנים מעת לעת וממוסד אחד למשנהו ולכן מומלץ להתעדכן בסילבוס החוג טרם תחילת הלימודים. 

בוגרי תואר מוסמך במחשבת ישראל יוכלו לעסוק במגוון תחומים ותפקידים. בוגרי התואר במסלול המחקרי אשר כולל הגשת עבודת גמר מחקרית בליווי מנחה מהחוג, יוכלו להמשיך ללימודי דוקטורט ובסיומו להתקדם לעבר קריירה אקדמית ולהשתלב בסגל המחקר וההוראה במוסדות להשכלה גבוהה. בוגרי המסלול העיוני אשר ירצו להמשיך גם הם ללימודי דוקטורט יידרשו להשלמות המכשירות את הסטודנט לעבודת מחקר עצמאית.

כמו כן, בוגרי המסלול יוכלו להשלים לימודי תעודת הוראה ולעבוד כמורים בבתי ספר במקצועות המשיקים לתחום לימודיהם וללמד ולהדריך קבוצות במוסדות חינוכיים בלתי פורמליים, בעמותות ובחוגי העשרה. בנוסף לכך, מסיימי התואר יוכלו לעסוק ככותבים וכעורכי תוכן בעיתונות, בהוצאות ספרים ובאינטרנט. 

בוגרי תואר מוסמך אוניברסיטה במדעי היהדות במסלול המחקרי אשר ירצו להמשיך להעמיק בלימודיהם ובחקר היהדות למגוון תחומיה יוכלו להמשיך ללימודי תואר שלישי במחשבת ישראל. תנאי הקבלה ללימודי דוקטורט משתנים ממוסד לימודים אחד למשנהו אך באופן כללי המועמדים יצטרכו להציג גליון ציוני תואר שני במדעי היהודות בממוצע 85 לכל הפחות וציון מינמלי של 85 בעבודת גמר מחקרית. ישנם מוסדות לימוד שאף דורשים סיפי קבלה גבוהים מאלו. 

בנוסף, בוגרי תואר שני במדעי היהדות יוכלו להשלים לימודי תעודת הוראה ולהשתלב בצוות ההוראה בבתי הספר כמורים ורכזי מורשת ולהנחיל לתלמידים את רזי המקצוע. במסגרת לימודי תעודת הוראה הבוגרים יוכשרו להעברת חומר הלימוד המבוקש לתלמידים תוך שימוש באסטרטגיות ומיומנויות הוראה שונות ומגוונות.