הנדסת מערכות מידע מיישמת ידע הנדסי ועקרונות מדעיים, יחד עם ידע במחשבים ומשאבי אנוש בעיצוב, ניהול של מערכות מידע ושימוש בהן. לאחר תואר ראשון בהנדסת מערכות מידע נדרש המהנדס לתכנן ולפתח מאגרי מידע, למסד תקני מערכת, להצליב מידע דרך מאגרים שונים ורשתות שונות, ובאופן כללי, לתכנן, לעצב, לבחון ולהוציא לפועל מידע ומערכות מידע. מהנדסי מערכות מידע הם בעלי ידע והבנה מעמיקה במערכות מבוססות ידע, ניתוח ועיצוב מערכות מידע, עיבוד אילוצים, אלגוריתמים, פיתוח יזמות ושיטות מחקר במערכות מידע. 

להנדסת מערכות מידע תפקיד משמעותי ומרכזי בניהולם של ארגונים וחברות גדולות ולמהנדסים משדה זה שמור מקום חשוב בהליך העסקי והתפעולי של הארגון, בקבלת ההחלטות הניהולית ובניית האסטרטגיה העתידית המיועדת לשמור על בריאותו של הארגון ועל הסדר וניתוח המידע הנחוץ לו. לימודי תואר שני בהנדסה בתחומים השונים הם לימודים מבוקשים למדי, שכן הם מרחיבים את הידע של הסטודנט, ומעניקים לו מיומנויות פרקטיות שיסייעו לו להתקצע בתחום. בשל כך, בוגרי תואר ראשון רבים בוחרים ללמוד תואר שני בהנדסת מערכות מידע.

לימודי תואר שני בהנדסת מערכות מידע שואפים להכשיר אנשי מקצוע לעסוק במחקר, תכנון, פיתוח וניהול של מערכות מידע. תחום מערכות המידע מצוי בתנופת התפתחות וזוכה לאחרונה לתשומת לב הולכת וגוברת בעולם בכלל ובישראל בפרט. מגמת הפיתוח של התחום מתבטאת בהרחבת התחום האקדמי, בדרישה הולכת וגוברת בתעשייה למומחים בתחום, בהכשרת אנשי מקצוע ועוד.

לימודי תואר שני במערכות מידע מיועדים לבעלי תואר ראשון בהנדסת מערכות מידע, מדעי המחשב, הנדסה או מדעים מדויקים ותחומים אחרים הקרובים לתחום מערכות המידע. לימודי תואר שני בהנדסת מערכות מידע יכולים להתקיים במסלול מחקרי, הכולל כתיבת עבודת תזה, או במסלול לא מחקרי, ללא עבודת תזה, כאשר ההבדל העיקרי בין המסלולים הינו שמסלול מחקרי מאפשר המשך לימודים אל עבר לימודי דוקטורט בתחום.

לימודי שני בהנדסת מערכות מידע פונים לבעלי תואר ראשון במגוון מקצועות, כגון: תואר ראשון בהנדסת מערכות מידע, מדעי המחשב, הנדסת מחשבים ומגוון רחב נוסף של תארים ראשונים ממקצועות ההנדסה או המדעים המדויקים. עם זאת, חשוב לציין, כי בעלי תואר ראשון שאינו בהנדסת מערכות מידע, ייתכן ויידרשו להשלמות מסוימות בהתאם לדרישת החוג. הלימודים מתאימים לאלו הרוצים להעמיק את ידיעותיהם ולרכוש כלים ומיומנויות משמעותיות לביצוע מחקר אקדמי איכותי.

כמו כן, בוגרי תואר ראשון בהנדסת מערכות מידע אשר שואפים להשתלב בסגל ההוראה האקדמי במוסדות להשכלה גבוהה יוכלו להמשיך ללימודי דוקטורט, ולשם כך עליהם לסיים בהצלחה לימודי תואר מוסמך במסלול המחקרי הכולל הגשה של עבודת גמר מחקרית.

תנאי הקבלה אינם אחידים ולתכניות דרישות סף שונות בהתאם להחלטות החוג. באופן כללי, ניתן לומר כי הלימודים מיועדים לבוגרי תואר ראשון בהנדסת מערכות מידע בעלי ממוצע ציונים גבוה מ-80. מוסדות מסוימים מקבלים בוגרי תואר ראשון בתחום ללא דרישה של ממוצע מסוים, ואילו מוסדות אחרים מקבלים רק בוגרים שסיימו את לימודי התואר הראשון בהצטיינות. גם בוגרי תואר ראשון בתחומים אחרים בהנדסה ובמקצועות המדעיים המדויקים יכולים להתקבל ללימודים, אולם יתכן וידרשו להציג ממוצע גבוה יותר בציוני התואר הראשון, ובמידה ויתקבלו, יחויבו בהשלמת קורסי מבוא ויסודות בהנדסת מערכות מידע.

לימודי תואר שני בהנדסת מערכות מידע נמשכים בדרך כלל כשנתיים. עם זאת, משך זמן הלימודים עלול להשתנות בין מוסד לימודים אחר למשנהו. לימודי מוסמך בהנדסת מערכות מידע מתקיימים ברוב מוסדות הלימוד בשני מסלולים: מסלול מחקרי אשר כולל הגשת עבודת גמר מחקרית (תזה) ומסלול עיוני אשר על בוגריו להגיש פרויקט גמר שאינו מחקרי או להיבחן בבחינה. לרוב המסלול המחקרי אורך זמן רב יותר מאשר המסלול העיוני וזאת לשום השלמת כתיבת התזה. 

חשוב לציין כי חלק ניכר ממוסדות הלימוד מציעים השתלבות במסלול לימודים זה במתכונת של לימודי ערב ולימודים בימי שישי בבוקר. אפשרות זו נותנת מענה עבור אלו המעוניינים להשתלב במסלול לימודים זה אך אין ביכולתם לפנות את יומם לטובת הלימודים עקב אילוצים קודמים כמו עבודה, לימודים וכדומה. 

ארגונים ציבוריים, חברות בעלות מסחר רחב ובעצם כל גוף גדול אחר זקוק למערכת מידע שתחזיק, תנהל ותאבטח את המידע שהגוף מייצר ומשתמש בו לצרכי עבודתו. ככל שממדי המידע גדלים, כך גדל הצורך בניהול ממוקד יותר ומאובטח יותר, באמצעות מערכות משוכללות יותר. לכן, למהנדסי מערכות מידע תפקיד חשוב ומשמעותי בביצוע סוגים שונים של ניהול מערכות מידע. בוגרי מוסמך במערכות מידע עוסקים בניתוח מידע, אפיונו, תכנון והקמה של מערכות מידע, תחזוקתן ואבטחתן.

בוגרי התואר המסיימים בהצלחה את המסלול המחקרי מוזמנים להמשיך לעבר לימודים מתקדמים לתואר שלישי בהנדסת מערכות מידע ולהצטרף לצוותי ההוראה והמחקר במוסדות להשכלה גבוהה ובמכוני מחקר ולפתח קריירה אקדמית.

בוגרי תואר מוסמך אוניברסיטה להנדסת מערכות מידע אשר סיימו את המסלול המחקרי הכולל הגשת עבודת גמר מחקרית (תזה), המעוניניים להעמיק את ידיעותיהם בתחום, לעסוק במחקר באופן עצמאי ולרכוש כלים משמעותיים לביצוע מחקר מקצועי ברמה גבוהה, יוכלו להמשיך ללימודי תואר שלישי. 

בוגרי המסלול המקצועי אשר אינו דורש הגשת עבודת גמר מחקרית (אך דורש הגשת פרוקיט גמר שאינו מחקרי) ומעוניינים להמשיך ללימודי דוקטורט יידרשו להשלמות המכשירות את התלמיד לעבודת מחקר עצמאית. בסיום מסלול הדוקטורט יוכלו הבוגרים להשתלב כחלק מסגל ההוראה האקדמי במוסדות להשכלה גבוהה וכן להשתלב בצוות החוקרים כמחקרים מובילים ופורצי דרך בתחום ולפתח קריירה אקדמית עשירה.